Trijų Kryžių kalnas taip pat mena pranciškonų vienuolius ir jų kankinystę.

Lietuva pirmą kartą paminėta 1009 m. vokiečių Kvedlinburgo analuose rašant apie saksų misionieriaus Šv. Brunono Bonifaco, kurio vardu  pavadinta ir gatvė Vilniuje, nužudymą Rusios ir Lietuvos pasienyje. Apie 974 m. Vokietijoje, saksų didikų Brunono ir Idos šeimoje Kverfurte, gimęs Brunonas mokėsi Magdeburgo katedros mokykloje, buvo šios katedros kanauninkas.

Po Šv. Brunono Kverfurtiečio misijos ir nužudymo krikščionių misionieriai lietuvių protėvių žemėse ilgokai nesilanko. XIII a. vid. Mindaugo dvare paminimi pirmieji pranciškonai ir dominikonai. Po Mindaugo nužudymo 1263 m. jų misija nuslopo. Tik XIII a. pabaigoje pranciškonams lietuvių žemės vėl tapo pasiekiamos.

Ten, kur keliaudavo ir įsikurdavo katalikų pirkliai, ten pat įsikurdavo ir pranciškonai. Neretai ir dominikonai. XIV a. pradžioje Vilniuje iškilo po vieną pranciškonų ir dominikonų bažnyčią. Dominikonų bažnyčios vieta yra nežinoma. Pranciškonų bažnyčia buvo pastatyta būsimosios Vilniaus katedros teritorijoje. Būtent šiame senojo Vilniaus kvartale buvo įsikūrusi pirmoji vokiečių (išeivių iš Livonijos) kolonija.

Vienuolių misijos pagoniškoje Lietuvoje neretai baigdavosi tragiškai. Šie įvykiai skaldė pagonių visuomenę, skatino užuojautą kankiniams ir palankumą krikščionybei.

Plikasis kalnas, dabartinis Trijų Kryžių kalnas, nuo seno siejamas su vienuolių pranciškonų kankinyste. Valdant didžiajam kunigaikščiui Algirdui, 1369 m. ant šios kalvos Vilniaus pagonys nukankino 14 vienuolių. Trys mediniai kryžiai, pastatyti ant Plikojo kalno, buvo nuolatos atnaujinami. Manoma, kad kryžiai išstovėjo iki pat 1869 m., kuomet jie nugriuvo nuslinkus kalno šlaitui.

I-ojo Pasaulinio karo metais okupacinė vokiečių valdžia leido pastatyti Trijų Kryžių paminklą. Vilniaus miesto gyventojai suvokė šį paminklą kaip savo tapatybės ir pasipriešinimo simbolį, todėl aukojo pinigus ir medžiagas. Architektas Antanas Vivulskis parengė Trijų Kryžių paminklo projektą. Menininkas paminklo siužetą tapatino su Golgotos kalno įvaizdžiu. Trijų Kryžių paminklas buvo pastatytas iš gelžbetonio per du mėnesius 1916 metais.