Trijų Kryžių istorijai, sunaikinimui sovietmečiu ir atkūrimui 1989 metais daug dėmesio skiriama Lietuvos nacionaliniame muziejuje atidarytoje parodoje „Senasis Vilnius“. Iki rugsėjo pabaigos veiksianti paroda pristato ir seniausią Vilniaus Trijų Kryžių ikonografinę medžiagą.
Lygiai prieš du dešimtmečius, 1989 metų vasarą, Sąjūdžio iniciatyva ant Plikojo kalno Vilniaus pilių teritorijoje atstatyti Trys Kryžiai tuomet tapo tautos atgimimo ir pergalės prieš sovietų režimą simboliu, tačiau šis nuo sostinės neatsiejamas paminklas turi kelių šimtmečių istoriją.
1916 m. pagal architekto ir skulptoriaus Antano Vivulskio (1877-1919 m.) projektą pastatytas paminklas tuo metu buvo labai modernus statinys - vienas iš pirmųjų gelžbetoninių statinių Vilniuje. 1950 m. gegužės 30 d. sovietų valdžios nurodymu Trys Kryžiai buvo susprogdinti, o jų išdraskytos liekanos paliktos gulėti.
Pasak Lietuvos nacionalinio muziejaus ikonografės Dianos Streikuvienės, dabar neįsivaizduojame Vilniaus be Trijų Kryžių - trijų sujungtų baltų gelžbetoninių kryžių paminklo. Lietuvos nacionalinio muziejaus parodoje galima išvysti visai kitokius, medinius Tris Kryžius, vaizduojamus XVII-XIX a. Vilniaus panoramose.
Istoriniai įvykiai, susiję su Trijų Kryžių atsiradimu Vilniuje, nukelia į XIV amžių. 1341 m. Lietuvos didžiojo kunigaikščio Gedimino įsakymu Vilniuje buvo nužudyti du iš Čekijos atvykę pranciškonų vienuoliai Martynas ir Ulrichas. Šis faktas užfiksuotas pranciškonų kronikoje, sudarytoje apie 1369 m., todėl istorikai neabejoja jo tikrumu. Lietuvos metraštis, arba Bychovco kronika, pasakoja legendą apie 14-os pranciškonų vienuolių nužudymą Vilniuje. Tuo metu, kai didysis kunigaikštis Algirdas žygiavo prieš Maskvą, o su juo buvo jo vaivada Petras Goštautas, susirinko Vilniaus miestiečiai pagonys ir dideliu būriu atėjo prie vienuolyno, nenorėdami, kad būtų Romos tikėjimo krikščionių, vienuolyną sudegino ir septynis vienuolius sukapojo, o kitus septynis vienuolius, pririšę prie kryžių, paleido Nerimi žemyn, sakydami: „Nuo saulėlydžio atėjote, į saulėlydį ir grįžkite. Kam mūsų dievus naikinote...“
Istorikai taip pat patvirtina faktą, kad apie 1369-1370 m. Vilniuje buvo nužudytas pranciškonų gvardijonas ir keturi ordino broliai. XVI-XVIII a. įvairių autorių veikaluose aptinkami dar šeši skirtingi pasakojimai apie Lietuvos pranciškonų kankinius 1326-1404 m. Vilniaus pranciškonų kankinių kultas plito keliais etapais.
1649-1651 m. Vilniaus vyskupas Jurgis Tiškevičius ruošėsi pradėti oficialią kankinių kanonizacijos bylą. Tuo laikotarpiu ant Plikojo kalno ir buvo pastatyti mediniai Trys Kryžiai pranciškonų kankiniams atminti.
Pirmą kartą Vilniaus miesto ikonografijoje Trys Kryžiai pavaizduoti 1648 m. Frydricho Gedkanto Vilniaus gynybinių įtvirtinimų plane. Jie matyti ir 1649 m. Vilniuje išleistos Danielio Petceldto panegirikos vyskupui Jurgiui Tiškevičiui iliustracijoje. Nuo tada Trys Kryžiai tampa neatskiriama Vilniaus panoramų dalimi.
Nuo XVII a. antrosios pusės juos galima išvysti daugelyje Vilniaus vaizdų: knygų iliustracijose, graviūrose, akvarelėse. Pagal Pranciškaus Smuglevičiaus piešinį nutapytoje akvarelėje ant Plikojo kalno matomas tik vienas kryžius, mat medis nebuvo patvari medžiaga, todėl kryžiai sunykdavo ir būdavo iš naujo atstatomi.
Pirmojo pasaulinio karo metu Vilniaus šviesuomenės iniciatyva Trijų Kryžių paminklui surinkti pinigai. 1916 m. liepos - rugpjūčio mėnesiais padaryti klojiniai, išlietas paminklas ir atlikta jo apdaila. Paminklas stovėjo iki 1950 m. gegužės 30 dienos, kai sovietinės valdžios įsakymu buvo susprogdintas. 1989 m. birželio 14 d. Lietuvos persitvarkymo sąjūdžio iniciatyva atstatytas. Ant plataus išlenkto postamento pusračiu išdėstyti trys vienodos formos kryžiai, priekinis jų pakeltas aukščiau. Juosta išryškintas kryžių kontūras, kryžmų centrai pažymėti kryžiaus vinis simbolizuojančiais iškilimais. Ant postamento pagrindo matomas dedikacinis įrašas.
